کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "القانون فی الطب ابن سینا-کتاب اول"
   نجفقلی حبیبی
   انتشارات بنیاد علمی و فرهنگی بوعلی سینا، ایران، 1397،
2. "شرح مشکلات کتاب القانون"
   نجفقلی حبیبی
   کتابخانه، موزه و مرکز اسناد مجلس شورای اسلامی، ایران، 1397،
3. "مفاتیح الغیب ملاصدرا"
   نجفقلی حبیبی
   بنیاد حکمت صدرا، 1386،
4. "حاشیه بر شواهد الربوبیه ملاصدرا"
   نجفقلی حبیبی
   موسسه پژوهشی فلسفه و حکمت اسلامی ایران، 1385،
5. "رسایل الشجره الالهیه فی علوم الحقایق الربانیه (3 جلد)"
   نجفقلی حبیبی
   موسسه پژوهشی حکمت و فلسفه، 1385،
6. "ایضاح المقاصد"
   نجفقلی حبیبی
   موسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، 1385،
7. "تحقیق و تصحیح و مقدمه رسائل الشجره الهیه فی علوم الحقایق الربانیه"
   نجفقلی حبیبی
   موسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران، 1385،
8. "رسائل الشجره الاهیه"
   نجفقلی حبیبی
   موسسه پژوهشی حکمت و فلسفه، 1383،
9. "شرح دعا الصباح"
   نجفقلی حبیبی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1375،

کتابهای ترجمه ای

1. "شرح الاسماء یا شرح دعا جوشن کبیر"
   نجفقلی حبیبی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1391،