کتابخانه دانشکده الهیات و معارف اسلامی تحت عنوان کتابخانه استاد شهید مطهری، یکی از کتابخانه های غنی دانشگاه تهران است که همزمان با تاسیس دانشکده در سال 1313 دایر گردید و به مرور زمان با خریداری یا اهدای کتب جدید به صورت کتابخانه ای نسبتاً  مجهز در آمده که در حال حاضر دارای بیش از 120000 جلد کتاب فارسی، عربی و انگلیسی، 85 عنوان مجله، 343 جلد رساله ارشد و 501 جلد رساله دکتری می باشد. کتب چاپ سنگی نیز از جمله کتب موجود در این کتابخانه می باشد.

در حال حاضر کتابخانه از سه بخش مخزن، سالن مطالعه اساتید و سالن مرجع و مطالعه دانشجویان تشکیل گردیده که پایان نامه ها و مجلات نیز در این بخش نگهداری می گردد. نظام طبقه بندی کتاب بر اساس رده کنگره بوده و مخزن به صورت باز اداره می شود.

کتابخانه 6 دستگاه رایانه جهت جستجوی کتاب و منابع دیگر برای دانشجویان و 3 دستگاه جهت کارهای علمی اساتید در اختیار قرار داده است.

تعداد 58 صندلی و 7 میز کوچک نیز در سالن مطالعه قرار دارد.